长春众森管理咨询公司认为，绩效决定收入的薪酬制度也有比较明显的缺点。第一，员工收入在考虑个人绩效时，会造成部门或者团队内部成员的不良竞争，为取得好的个人绩效，员工可能会减少合作。因此，在需要团队协作制胜时，不应过分强调个人绩效对收入的作用。
第二，绩效评估往往很难做到客观准确。对大多数中国企业来说，少有企业的绩效考核系统很完善，如果在这种情况下就将收入和绩效挂钩，势必造成新的不公平，也就起不到绩效付酬的激励作用。高的绩效也许是环境条件造成的，和员工的努力本身关联不大，反之亦然。
第三，绩效付酬假设金钱对员工的刺激作用大，长期使用后会产生不良的导向，在企业增长缓慢时，员工拿不到高的物质方面的报酬，对员工的激励力度下降，在企业困难时，很难做到"共度难关"，而可能会选择离职或消极工作。
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